Le Roggengratbad fut mentionné pour la première fois en 1783. Deux ans plus tard, le gouverneur de Trachselwald écrivit dans son rapport officiel sur les bains : « Dans le Wyssbachgraben, appartenant au tribunal de district d'Eriswil, dans le Roggengrathbad, on dit que la baignade est occasionnellement pratiquée » (extrait de « Les bains thérapeutiques de la Haute-Argovie et du Bas-Emmental »).

Jusqu'en 1869, le Roggengratbad ne bénéficiait d'aucune licence commerciale. Cette année-là, l'autorisation fut accordée pour les mois d'hiver en raison du grand nombre de bûcherons travaillant dans la région. À partir de 1879, l'accès fut autorisé toute l'année. En 1930, le propriétaire de l'époque remplaça les six vieilles baignoires en bois par trois baignoires en métal. Le bain était recommandé pour les rhumatismes, les paralysies rhumatismales et les éruptions cutanées. Les derniers bains furent chauffés en 1963.

Rösi et Walter Heiniger, surnommés « Bedli-Rösi et Walter », étaient les aubergistes les plus fidèles depuis un siècle. Le 20 août 1975, ils vendirent l'établissement à Peter Herrmann de Wyssbach. Au cours des années suivantes, le bâtiment fut rénové et plusieurs locataires gérèrent le célèbre restaurant. Le 16 novembre 2000, le Roggengratbad fut presque entièrement détruit par un incendie de cheminée. Une reconstruction et d'importants travaux de rénovation eurent lieu l'année suivante. Le restaurant continua d'exister jusqu'en 2017, date à laquelle le dernier couple de locataires fut contraint de fermer l'établissement devant les tribunaux pour avoir ignoré les fournisseurs et les propriétaires, comme à l'époque de Gotthelf. Par la suite, le restaurant ne rouvrit plus jamais. Après le décès du propriétaire de longue date, son épouse décida finalement de vendre la propriété. En novembre 2023, la nouvelle société BLUE-art Roggegratbad AG, filiale de BAIN-BLEU S.A., exploitant des thermes de Genève et dont les propriétaires avaient auparavant développé et exploité une chaîne de bains thermaux et de hammams dans toute la Suisse, a acquis le bien. En octobre 2024, après l'obtention du permis de construire, la rénovation complète a débuté, ouvrant ainsi un nouveau chapitre pour Roggegratbad à partir de l'automne 2025.