Erstmals urkundlich erwähnt wurde das Roggengratbad im Jahr 1783. Zwei Jahre später schreibt der Landvogt von Trachselwald in seinem Amtsbericht über die Bäder: «In dem Wyssbachgraben, des Gerichts Eriswil, in dem sogenannten Roggengrathbad, wird dem Vernehmen nach zuweilen gebadet» (aus «Die Heilbäder im Oberaargau und im Unteremmental»).

Bis im Jahr 1869 hatte das Roggengratbad keinerlei Wirtschaftsrechte. In diesem Jahr wurde es wegen der vielen Holzfäller, die in der Gegend arbeiteten, für die Wintermonate gewährt. Ab dem Jahr 1879 wurde es für das ganze Jahr bewilligt. Im Jahr 1930 ersetzte der damalige Besitzer die sechs alten Badekästen aus Holz durch drei metallene Badewannen. Das Bad wurde als heilbringend bei Rheumatismus, rheumatischen Lähmungen und Hautausschlägen empfohlen. Die letzten Bäder wurden im Jahr 1963 gewärmt.

Langjährige Wirtsleute in den vergangenen 100 Jahren waren Rösi und Walter Heiniger, bekannt als «Bedli-Rösi und -Walter». Am 20. August 1975 verkauften sie den Betrieb an Peter Herrmann, Wyssbach. In den folgenden Jahren wurde das Gebäude erneuert und verschiedene Pächter führten das bekannte Restaurant. Am 16. November 2000 wurde das Roggengratbad durch einen Brand im Kamin beinahe zerstört. Der Wiederaufbau mit umfassender Renovation erfolgte im Jahr danach. Anschliessend wurde das Restaurant bis ins Jahr 2017 weiterbetrieben, bis das letzte Pächter-Ehepaar den Betrieb wegen Zechprellerei gegenüber Lieferanten und Besitzern - so wie zu Gotthelfs Zeiten - gerichtlich einstellen musste. Danach wurde der Restaurantbetrieb nie wieder eröffnet. Nachdem mittlerweile auch der langjährige Besitzer verstorben war, entschied sich schlussendlich seine Gattin die Immobilie zu verkaufen. Im November 2023 konnte die neu gegründete Firma BLUE-art Roggegratbad AG, eine Tochterfirma von BAIN-BLEU S.A., welche das Thermalbad in Genf betreibt und deren Inhaber davor eine Kette von Thermalbad- und Hammam-Anlagen in der ganzen Schweiz entwickelt und betrieben haben, die Liegenschaft erwerben. Im Oktober 2024 begann, nach Erhalt der Baubewilligung, der Totalumbau, sodass ab Herbst 2025 ein neues Kapitel Roggegratbad geschrieben wird.